Francisco Arqués es Profesor Contratado Doctor de la Escuela Técnica Superior de Arquitectura de la Universidad Politécnica de Madrid (ETSAM, UPM). Su investigación se centra en el patrimonio de la arquitectura moderna y los estudios de paisaje cultural. Desde 2020, dirige el Grupo de Investigación en Paisaje Cultural (GIPC). Obtuvo la beca de la Academia de España en Roma en el año 1991 y ha sido académico invitado en universidades de Chile, Italia, Suiza y Portugal. Coordinó el Programa de Doctorado en Arquitectura en el periodo 2008-13. En el GIPC, ha dirigido 8 proyectos de investigación obtenidos en convocatorias de concurrencia pública competitiva y 3 contratos de investigación. Actualmente codirige el proyecto HERITAGESCAPES, Cartografía crítica del paisaje cultural metropolitano. Patrimonios futuros (2023-2026). Entre 2019 y 2022 lideró la Red Temática de Investigación en Paisajes Culturales, en el marco del Plan Estatal de I+D+i. Fue comisariado, junto a Juan Miguel Hernández León, de la exposición Designing America: El trazado español de los Estados Unidos en la Biblioteca Nacional de España, con itinerancia por el país norteamericano hasta 2020. Por sus trabajos ha obtenido los premios de investigación y de difusión de la Bienal Española de Arquitectura y Urbanismo.
Sus artículos han sido publicados en revistas académicas como Patrimonio Cultural de España, PlosOne, Informes de la Construcción, REIA Revista Europea de Investigación en Arquitectura, Cuadernos de Proyectos Arquitectónicos, Ábaco, Arquitectura Viva, On Diseño, L’Architecture d’aujourd’hui, Formas o Arquitectura. En los últimos años ha coeditado los volúmenes Ensambles. Paisaje contemporáneo y práctica patrimonial (Abada Editores, 2023), junto a Rodrigo de la O, y Miguel Fisac en la Ciudad Universitaria de Madrid (Ediciones Complutense, 2023) y Territorios de Investigación (Ediciones Asimétricas, 2020), junto a Concha Lapayese. Es autor del libro Miguel Fisac (Pronaos, 1996) y de otras publicaciones de referencia sobre este arquitecto.